لم يدم ازدهار دير مرمشن طويلاً. كان الدير في السابق مركزًا علميًا يضم مكتبة ضخمة، إلا أنه لم يستطع الصمود أمام الغزوات السلجوقية التي اجتاحت أرمينيا. وعلى عكس أريش أو تاتيف، لم يتطور ليصبح مركزًا رئيسيًا للاهوت أو الفن. ومع ذلك، في القرن الثالث عشر، رمم أمراء زاكاريان ممتلكات عائلة بهلافوني. وفي عام 13، أعاد أحفاد فاهرام - رئيس الأساقفة غريغور وشقيقه حرب (أو غريب) - بناء الدير وأحاطوه بأسوار دفاعية.
وأمروا أيضًا بتسجيل تاريخ الدير على جدار الكاتدرائية، حفاظًا على قصته للأجيال القادمة.
أدى الجدار الواقي في نهاية المطاف إلى ظهور قرية حول الدير، تُدعى فاجرامابيرد - "حصن فاهرام". تنتشر في المنطقة العديد من الخاتشكار - الصلبان الحجرية - بعضها قديم وبعضها حديث.
رغم موجات الغزو والدمار، صمد الدير. في أوائل القرن التاسع عشر، وبعد حرب روسية تركية أخرى، مرّت الحدود الجديدة بين الإمبراطورية الروسية وتركيا العثمانية عبر وادي أخوريان. استقرت عائلات أرمنية من قارص والمناطق المجاورة في فاغرامابيرد، لاجئةً في ظل الصليب المقدس. كما أُنشئت مدرسة قروية بالقرب من الدير.
تولى السكان المحليون مسؤولية الحفاظ على الموقع، وصيانته، وترميم مبانيه أحيانًا. لكن الطبيعة أثبتت أنها عدوٌّ أشدّ وطأةً. ففي عام ١٨٨٣، دمّر زلزالٌ قوي كنيسة العذراء مريم وألحق أضرارًا بمباني أخرى. وبعد بضع سنوات، أشرف الكاثوليكوس مكرتش خريميان - المعروف بخريميان هايريك - على ترميمها.
استمرت الصلوات الدينية في مارماشن حتى عام ١٩٢٣، عندما حظر البلاشفة النشاط الديني. فعُلمِنَ الدير وصُنِّفَ معلمًا ثقافيًا تحت رعاية الدولة.
نجا من زلزالين آخرين. بعد كارثة سبيتاك عام ١٩٨٨، ظهر صدع كبير في جدار كاتوغيكي، مما هدد الهيكل بأكمله. في عام ٢٠٠٠، قام فريق ترميم إيطالي بقيادة غايان كاسناتي بتثبيت الجدار وإجراء أعمال ترميم إضافية.
اليوم، الوضع المحيط بمرمشن غير اعتيادي. فرغم عودة إقامة الصلوات في كنائسها، إلا أن المباني نفسها لا تتبع الكنيسة الرسولية الأرمنية قانونيًا. قد يبدو هذا مجرد إشكالية، إلى أن شكّلت التطورات الأخيرة تهديدًا خطيرًا.
شُيّد سد كهرومائي على نهر أخوريان، مُشكّلاً خزاناً أدى إلى زيادة كبيرة في مستويات الرطوبة في المنطقة. تُشكّل هذه الرطوبة المُستمرة خطراً على أساسات الكنائس القديمة وملاطها. ومع ذلك، ونظراً لعدم حسم ملكية الدير، لا يُمكن للكنيسة البدء رسمياً في أعمال الترميم.
