يعود تاريخ تأسيس مدينة قوبا إلى القرن الخامس عشر. في عام ١٧٣٥، تحولت المدينة إلى عاصمة لخانية قوبا، التي شملت الأراضي الحديثة لشمال شرق أذربيجان والجزء الجنوبي من داغستان. نشأت هذه الخانية نتيجة صراعات مستمرة بين قبائل داغستان. ينحدر مؤسس خانية قوبا وسلالتها، حسين خان، من قبيلة كايتاغ، الفرع الأقدم من عشيرة أوتسمي. في منتصف القرن السابع عشر، كاد هذا الفرع أن يُباد خلال حرب أهلية، لكن أحد الخدم المخلصين تمكن من إخفاء حسين الشاب واصطحبه إلى كوميك شامخال، الحاكم الأعلى لقبائل داغستان.
في بلاط شمخال في طرخ (بالقرب من محج قلعة حاليًا)، نشأ حسين، وعند بلوغه سن الرشد، بدأ خدمة شاه فارس في ساليان (جنوب باكو). وهناك، اعتنق المذهب الشيعي وتزوج ابنة أحد نبلاء العاصمة أصفهان. منح الشاه وريثه، السلطان أحمد، لقب خان ساليان وخودات.
كانت خودات، وهي بلدة صغيرة مجاورة لخاتشماز، مركزًا لسهل قوسار آنذاك. بعد عودة السلطان أحمد، أصبحت معقلًا للشيعة على أطراف داغستان السنية. في عام ١٧١١، ثار اللزجين بقيادة الحاج داود، المماثل للإمام شامل، ولكن بدلًا من محاربة روسيا المسيحية، قاتلوا بلاد فارس الشيعية، بدعم من الأتراك. أسر اللزجين خودات وذبحوا خانات الشيعة المكروهين، لكن التاريخ تكرر حيث تمكن رجال الحاشية من إنقاذ حسين علي خان الشاب ونقله سرًا إلى قرية تايجر في أعالي نهر سامور.
هناك، توارى الخان الشيعي عن الأنظار لفترة، مُدركًا نسبه وتلقى تعليمًا لائقًا، ولم يُعثر بين دائرته على خونة. حانت لحظته عام ١٧٣٥ عندما غزا نادر شاه، "بطرس الأول الإيراني"، داغستان، ساعيًا لاستعادة الأراضي التي خسرتها إيران بعد سقوط الصفويين. لم يعد حسين علي إلى موطنه خودات تحت الحكم الفارسي؛ بل استقر في غوبا على نهر غوديالشاي، في موقع مدينة خوبوتا القديمة شبه الأسطورية. في عام ١٧٤٧، بعد اغتيال نادر شاه على يد متآمرين، وتعاقب الحكام المحليون في جميع أنحاء أذربيجان على إعلان الخانات، لم يكن أمام حسين علي خيار سوى أن يحذو حذوه.
تقع خانية قوبا عند البوابة الكبرى للقوقاز، بين إيران وطوران، وكانت مختلفة عن غيرها. حكم النبلاء الأتراك الشيعة اللزجين السنة، واللافت للنظر أن الخانات نجحوا في استغلال هذا الوضع لصالحهم. سيطر رجال الدين السنة في قوبا على رجال الدين الشيعة، مما سمح للخان الشيعي بالعمل بشكل مستقل، ووسع سلطته الدنيوية حتى في المناطق التي كان يسيطر عليها تقليديًا الأئمة والقضاة.
علاوة على ذلك، أعاد خانات غوبا بناء علاقاتهم مع قبيلة كايتاغ أوتسميس، مما عزز سلطتهم بين سكان الجبال. إلا أن الليزغين ظلوا متشككين في الخان، مما دفعه إلى دعوة المضطهدين في أماكن أخرى من القوقاز - الأرمن (إلى خاشماز)، والغجر الشيعة الناطقين بالتركية (إلى غاراتشي)، وفي مقدمتهم يهود الجبال، الذين ظلت غوبا "عاصمتهم".
في سهل قوسار وفي حدائق الجبال، زُرعت الفاكهة والزعفران، بينما نُسجت أجود أنواع السجاد في شمال القوقاز في القرى. والأهم من ذلك، أن خانية قوبا، شأنها شأن جميع داغستان، كانت تمتلك إنتاجها الخاص من الأسلحة. وقد استغل فتالي خان، الذي اعتلى العرش عام ١٧٥٨، الثروة التجارية والجاهزية العسكرية وشجاعة سكان الجبال. وبحلول نهاية القرن، كان قد بنى فعليًا إمبراطورية صغيرة امتدت من دربند (التي أصبحت المدينة الرئيسية للخانية) إلى مدينة أردبيل الفارسية. وفي ستينيات القرن الثامن عشر، كان من بين أتباعه خانا باكو وشماخي، وبخلع سلالتيهما، كان بإمكان فتالي أن يطالب بلقب شيروانشاه القديم.
مع توسعه في أراضيه، اختار حلفاءه بذكاء، سواء كانوا أمراء داغستان أو خانات شيكي المجاورة، وفي ذروة قوته، اعتقد أنه لم يعد معتمدًا عليهم. كان هذا خطأً: ففي سبعينيات القرن الثامن عشر، غزا سكان الجبال الداغستانيون غوبا، وهزموا حرس الشاه، وأجبروا فتالي على الفرار إلى ساليان. وهناك، وبعد أن كاد أن يخسر فتوحاته، قرر الخان أن يبذل قصارى جهده لإيجاد حلفاء جدد، فأرسل مبعوثًا إلى سانت بطرسبرغ يحمل مفاتيح دربند. بعد ذلك بوقت قصير، وصل جيش روسي بقيادة جنرالات يحملون ألقابًا ألمانية إلى داغستان. في عام 1770، أنشأت روسيا محمية على خانية غوبا، واختارت استراتيجيًا عدم التدخل في الشؤون الداخلية لتابعها. سمح هذا الترتيب للخان باستعادة أراضيه ومواصلة حملاته العسكرية، بينما وجد القيصر أنه من الأنسب التفاوض مع ورثة الخان بشأن ديناميكيات القوة المحلية.
في ثمانينيات القرن الثامن عشر، وسّع فتالي خان نفوذه بجعله تابعًا لنكران وأردبيل وشاكي، وشن حربًا ناجحة ضد خانية قره باغ القوية. ازدادت شهرته، وحظي باحترام حتى من مناطق مثل جيلان وتبريز. إلا أن هذا النجاح انهار عام ١٧٨٩ بوفاة الخان. وسرعان ما بدد ورثته إنجازات والدهم، وبحلول عام ١٨٠٦، استوعبت روسيا بقايا الخانية بسهولة.
لعدة سنوات، حُكمت غوبا من قِبل مجلسٍ مُكوّن من أربعة بكّات ونائب (حاكم)، وكان ميرزا محمد، أحد خانات باكو، نائبًا لها. أُلغيت خانية غوبا رسميًا عام ١٨١٠، ونُقلت إلى الإدارة المباشرة لقائد غوبا. بحلول عام ١٨١٣، وبعد انتهاء الحرب، تنازلت الفرس عن المنطقة. في عام ١٨٣٠، أصبحت غوبا مركزًا لمقاطعة، كانت في البداية جزءًا من مقاطعة بحر قزوين، ثم محافظة دربند عام ١٨٤٦، ثم ضُمّت أخيرًا إلى محافظة باكو بعد تقسيمها عام ١٨٦٠.
بحلول أوائل القرن العشرين، تطورت غوبا لتصبح مدينة متوسطة الحجم يبلغ عدد سكانها حوالي 20 نسمة، معظمهم من الأذربيجانيين ويهود الجبال، إلى جانب مجتمعات أصغر من الروس والأرمن. كما أثرت الحرب الأهلية في روسيا على غوبا؛ ففي عام 15,000، احتلت قوات بلدية باكو المدينة. وبعد بضعة أشهر، عندما استولى الأتراك على باكو، امتدت سلطة جمهورية أذربيجان الديمقراطية إلى غوبا. ومع ذلك، بعد الحرب، أصبحت هذه المنطقة في النهاية جزءًا من الاتحاد السوفيتي. أعادت الحرب الأهلية تشكيل حدود المنطقة بشكل كبير - لو سارت الأحداث بشكل مختلف، لكانت أذربيجان قد استولت بسهولة على دربند، بينما ربما كانت روسيا، عبر داغستان، قد طالبت بغوبا.