Das Andenken an Fayzulla Khodjaev wird in Buchara noch immer geehrt, und die Umwandlung seines Familienhauses in ein Museum ist ein Beweis für sein fortwährendes Erbe. Das Museum befindet sich im berühmten bucharischen Viertel Goziyon, einem Gebiet, das historisch vom Hofadel, wohlhabenden Kaufleuten und Händlern bewohnt wurde. Ubaydullokhoja, Fayzullas Vater, baute Ende des 19. Jahrhunderts mehrere Häuser in diesem Viertel und beauftragte die erfahrensten bucharischen Architekten, ein Musterbeispiel für Wohnarchitektur zu schaffen.
Das Fayzulla-Khodschajew-Museum zeichnet sich durch seine luxuriösen und raffinierten Innenräume aus. Die Räume sind mit aufwendigen Holzschnitzereien und Ganch (einer Art Stuckarbeit) geschmückt und zeigen die Handwerkskunst der damaligen Zeit. Das Museum bewahrt auch das Originalgeschirr und die Möbel auf, die einst der Familie Khodschajew gehörten und bietet einen Einblick in den Lebensstil der Elite von Buchara im 19. Jahrhundert.
Wie viele wohlhabende Häuser in Buchara verfügt das Haus von Fayzulla Khodjaev über einen Innenhof (havli darun) und einen Außenhof (havli berun). In muslimischen Haushalten war der havli darun typischerweise der weibliche Bereich des Hauses, während der havli berun für Männer bestimmt war. Zum Anwesen gehören auch Ställe, Gärten und verschiedene Haushaltsräume.
Einer der faszinierendsten Aspekte des Hauses ist sein Netzwerk aus unterirdischen Tunneln. Der Zweck dieser Tunnel bleibt ein Rätsel. Möglicherweise wurden sie von Ubaydullokhoja als Fluchtweg im Falle von Gefahr oder Missfallen des Khans gebaut, oder sie könnten einen viel älteren Ursprung haben und vor dem Bau des Hauses liegen.
