Die Barak-Khan-Madrasa wurde im 16. Jahrhundert von Suyunidzh-khan, einem Nachfahren des berühmten Astronomen Ulugbek, erbaut. Diese Madrasa gilt als Eckpfeiler des spirituellen und bildungsmäßigen Lebens in Zentralasien.
Die Madrasa ist nicht nur als ehemaliges Hauptquartier der geistlichen Verwaltung der Muslime Zentralasiens bekannt, sondern auch für ihre unschätzbar wertvolle Sammlung orientalischer Manuskripte. Zu diesen Schätzen gehört der weltberühmte Osmanische Koran, eine der wichtigsten Quellen des islamischen heiligen Buches, der Mitte des 7. Jahrhunderts verfasst wurde. Dieses monumentale Manuskript, das aus 353 Pergamentseiten besteht, reiste durch die Zeit und durch verschiedene Reiche und wurde in den Schatzkammern der Kalifen in Medina, Damaskus und Bagdad aufbewahrt, bevor es seinen Weg nach Usbekistan fand.
Der Osmanische Koran ist in Legenden gehüllt. Man glaubt, er trage die Blutflecken des Kalifen Osman selbst, der beim Lesen des Korans den Märtyrertod starb. Seitdem wird er als heilige Reliquie verehrt, von aufeinanderfolgenden Kalifen aufbewahrt und zu einem Symbol der ununterbrochenen Kette der islamischen Tradition. Trotz der Entstehung verschiedener religiöser Bewegungen und Sekten innerhalb des Kalifats konnte niemand die Autorität dieses Textes in Frage stellen, nicht einmal diejenigen, die Teile der Schrift in Frage stellten.
Das Schicksal vieler solcher Manuskripte bleibt ein Rätsel, insbesondere nach der Mongoleninvasion unter Hulagu Khan im Jahr 1258, die den Fall Bagdads und die Hinrichtung des Kalifen al-Mustasim zur Folge hatte. Im 15. Jahrhundert tauchte der blutbefleckte Koran jedoch in Samarkand wieder auf. Zunächst wurde er am Hof von Mirzo Ulugbek aufbewahrt und später in die Moschee von Scheich Khodja Akhrar gebracht, der aus Taschkent stammte.
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