En Bujará todavía se rinde homenaje a la memoria de Fayzulla Khodjaev, y la transformación de su casa familiar en un museo es un testimonio de su perdurable legado. El museo está situado en el famoso barrio bujarán de Goziyon, una zona históricamente habitada por la nobleza de la corte, ricos comerciantes y comerciantes. Ubaydullokhoja, el padre de Fayzulla, construyó varias casas en este barrio a finales del siglo XIX, empleando a los arquitectos bujaránes más hábiles para crear un modelo de arquitectura residencial.
El Museo Fayzulla Khodjaev se distingue por sus lujosos y refinados interiores. Las salas están adornadas con intrincadas tallas de madera y ganch (un tipo de yesería), que muestran la artesanía de la época. El museo también conserva la vajilla y los muebles originales que pertenecieron a la familia Khodjaev, lo que permite vislumbrar el estilo de vida de la élite de Bujará en el siglo XIX.
Al igual que muchas casas adineradas de Bujará, la casa de Fayzulla Khodjaev cuenta con un patio interior (havli darun) y un patio exterior (havli berun). En los hogares musulmanes, el havli darun era normalmente la sección femenina de la casa, mientras que el havli berun estaba destinado a los hombres. La propiedad también incluye establos, jardines y varias dependencias domésticas.
Uno de los aspectos más intrigantes de la casa es su red de túneles subterráneos. El propósito de estos túneles sigue siendo un misterio. Es posible que los construyera Ubaydullokhoja como medio de escape en caso de peligro o disgusto del kan, o podrían tener un origen mucho más antiguo, anterior a la construcción de la casa.