La fondation de la ville de Gouba remonte au XVe siècle. En 15, la ville devint la capitale du khanat de Gouba, qui englobait les territoires actuels du nord-est de l'Azerbaïdjan et du sud du Daghestan. Ce khanat naquit suite à des conflits persistants entre les tribus daghestanaises. Le fondateur du khanat de Gouba et de sa dynastie, Hussein Khan, était issu du peuple Kaitag, une branche aînée du clan Utsmi. Au milieu du XVIIe siècle, cette branche fut presque éradiquée lors d'une guerre civile, mais un serviteur fidèle réussit à cacher le jeune Hussein et à l'emmener auprès du shamkhal koumyk, le chef suprême des tribus daghestanaises.
À la cour du shamkhal de Tarkh (près de l'actuelle Makhatchkala), Hussein grandit et, à l'âge adulte, commença à servir le shah de Perse à Salian (au sud de Bakou). Là, il se convertit au chiisme et épousa la fille d'un noble de la capitale, Ispahan. Le shah accorda à son héritier, Sultan-Ahmed, le titre de khan de Salian et Khudat.
Khudat, petite ville adjacente à Khachmaz, était alors un centre de la plaine de Gusar. Au retour du sultan Ahmed, elle devint un bastion du chiisme aux confins du Daghestan sunnite. En 1711, les Lezghiens se révoltèrent sous la conduite de Hadji-Davud, proche de l'imam Chamil, mais au lieu de combattre la Russie chrétienne, ils affrontèrent la Perse chiite, soutenue par les Turcs. Les Lezghiens s'emparèrent de Khudat et massacrèrent les khans chiites méprisés. Pourtant, l'histoire se répéta : les courtisans réussirent à sauver le jeune Hussein-Ali Khan et à le transporter secrètement au village de Tayirjar, sur le cours supérieur du fleuve Samour.
Là, le khan chiite fit profil bas pendant un temps, conscient de sa lignée et ayant reçu une éducation appropriée, sans traîtres dans son entourage. Son heure arriva en 1735 lorsque Nadir Shah, le « Pierre Ier d'Iran », envahit le Daghestan, cherchant à reconquérir les territoires perdus par l'Iran après la chute des Safavides. Hussein-Ali ne retourna pas dans son Khoudat natal sous domination perse ; il s'installa à Guba, sur le fleuve Gudialchai, sur le site de l'ancienne cité semi-mythique de Khobota. En 1747, après l'assassinat de Nadir Shah par des conspirateurs et la proclamation successive de khanats par les dirigeants locaux de tout l'Azerbaïdjan, Hussein-Ali n'eut d'autre choix que de suivre son exemple.
Situé à la Grande Porte du Caucase, entre l'Iran et le Touran, le khanat de Gouba était unique en son genre. La noblesse turque chiite régnait sur les Lezghiens sunnites et, fait remarquable, les khans parvinrent à tourner cette situation à leur avantage. Le clergé sunnite de Gouba prédominait sur le clergé chiite, permettant au khan chiite d'agir en toute indépendance et d'étendre son autorité laïque jusque dans des zones traditionnellement contrôlées par les imams et les qazis.
De plus, les khans de Gouba renouèrent des liens avec les Kaitag Utsmis, consolidant ainsi leur autorité parmi les montagnards. Cependant, les Lezghiens restèrent méfiants envers le khan, ce qui le poussa à inviter les persécutés ailleurs dans le Caucase : les Arméniens (à Khachmaz), les Tsiganes chiites turcophones (à Garachi) et, surtout, les Juifs des montagnes, dont la « capitale » restait Gouba.
Dans la plaine de Gusar et dans les jardins de montagne, on cultivait des fruits et du safran, tandis que les plus beaux tapis du Caucase du Nord étaient tissés dans les aouls. Plus important encore, le khanat de Gouba, comme tout le Daghestan, possédait sa propre production d'armes. La richesse commerciale, la préparation militaire et la bravoure des montagnards furent mises à profit par Fatali Khan, qui monta sur le trône en 1758. À la fin du siècle, il avait effectivement bâti un petit empire s'étendant de Derbent (qui devint la principale ville du khanat) à la cité perse d'Ardabil. Dans les années 1760, ses vassaux comprenaient les khans de Bakou et de Shamakhi, et en détrônant leurs dynasties, Fatali aurait pu revendiquer l'ancien titre de Chirvanshah.
À mesure qu'il étendait ses territoires, il choisissait astucieusement ses alliés, qu'il s'agisse de princes daghestanais ou de khans de la région voisine de Sheki. Au sommet de sa puissance, il croyait ne plus dépendre d'eux. Ce fut une erreur : dans les années 1770, des montagnards daghestanais envahirent Gouba, vainquirent la garde du Shah et forcèrent Fatali à fuir vers Salian. Là, frôlant la perte de ses conquêtes, le khan décida de tout miser sur de nouveaux alliés et envoya un émissaire à Saint-Pétersbourg avec les clés de Derbent. Peu après, une armée russe, dirigée par des généraux aux noms de famille allemands, arriva au Daghestan. En 1775, la Russie établit un protectorat sur le khanat de Gouba, choisissant stratégiquement de ne pas s'immiscer dans les affaires intérieures de son vassal. Cet arrangement permit au khan de reconquérir ses territoires et de poursuivre ses campagnes militaires, tandis que le tsar jugeait plus commode de négocier avec ses héritiers concernant les rapports de force locaux.
Dans les années 1780, Fatali Khan étendit son influence en vassalisant Lankaran, Ardabil et Sheki, menant avec succès une guerre contre le puissant khanat du Karabagh. Sa réputation grandit, gagnant le respect même de régions comme le Gilan et Tabriz. Cependant, ce succès fut anéanti en 1789 par la mort du khan. Ses héritiers dilapidèrent rapidement les acquis de leur père et, en 1806, les vestiges du khanat furent facilement absorbés par la Russie.
Pendant plusieurs années, Gouba fut gouvernée par un conseil composé de quatre beks et d'un naib (gouverneur), dont Mirza Mamed, un khan de Bakou, était le naib. Le khanat de Gouba fut officiellement aboli en 1810 et placé sous le contrôle direct du commandant de Gouba. En 1813, après la guerre, les Perses abandonnèrent leurs prétentions sur la région. En 1830, Gouba devint le centre d'un district, initialement rattaché à la province caspienne, puis au gouvernorat de Derbent en 1846, et finalement intégré au gouvernorat de Bakou après sa division en 1860.
Au début du XXe siècle, Gouba était devenue une ville de district de taille moyenne comptant environ 20 15,000 habitants, principalement composés d'Azerbaïdjanais et de Juifs des montagnes, aux côtés de communautés plus petites de Russes et d'Arméniens. La guerre civile en Russie a également eu des répercussions sur Gouba ; en 1918, la ville fut occupée par les forces de la Commune de Bakou. Quelques mois plus tard, lorsque les Turcs prirent Bakou, l'autorité de la République démocratique d'Azerbaïdjan s'étendit à Gouba. Cependant, après la guerre, ce territoire fut finalement rattaché à l'URSS. La guerre civile remodela considérablement les frontières de la région : si les événements s'étaient déroulés différemment, l'Azerbaïdjan aurait pu facilement acquérir Derbent, tandis que la Russie, via le Daghestan, aurait pu revendiquer Gouba.