Kenangan Fayzulla Khodjaev masih dihormati di Bukhara, dan transformasi rumah keluarganya menjadi museum merupakan bukti warisan abadinya. Museum ini terletak di lingkungan Goziyon yang terkenal di Bukharan, sebuah wilayah yang secara historis dihuni oleh bangsawan istana, pedagang kaya, dan saudagar. Ubaydullokhoja, ayah Fayzulla, membangun beberapa rumah di lingkungan ini pada akhir abad ke-19, mempekerjakan arsitek Bukharan yang paling terampil untuk menciptakan model arsitektur perumahan.
Museum Fayzulla Khodjaev terkenal dengan interiornya yang mewah dan berkelas. Ruangan-ruangannya dihiasi ukiran kayu yang rumit dan ganch (sejenis plesteran), yang memamerkan keahlian pada masa itu. Museum ini juga menyimpan peralatan makan dan perabotan asli yang dulunya milik keluarga Khodjaev, yang memberikan gambaran sekilas tentang gaya hidup kaum elit Bukhara pada abad ke-19.
Seperti banyak rumah mewah di Bukhara, rumah Fayzulla Khodjaev memiliki halaman dalam (havli darun) dan halaman luar (havli berun). Di rumah tangga Muslim, havli darun biasanya merupakan bagian rumah untuk perempuan, sedangkan havli berun diperuntukkan bagi laki-laki. Properti ini juga mencakup kandang kuda, taman, dan berbagai bangunan rumah tangga.
Salah satu aspek yang paling menarik dari rumah ini adalah jaringan terowongan bawah tanahnya. Tujuan dari terowongan ini masih menjadi misteri. Terowongan ini mungkin dibangun oleh Ubaydullokhoja sebagai sarana pelarian jika terjadi bahaya atau ketidaksenangan dari khan, atau mungkin memiliki asal usul yang jauh lebih tua, sebelum pembangunan rumah ini.