Masjid Khonakoh merupakan bangunan keagamaan tertua yang masih ada di Lembah Fergana. Dibangun pada abad ke-16, masjid ini telah bertahan dari berbagai gempa bumi selama lima abad sejarahnya. Setiap era yang dilaluinya meninggalkan jejak pada arsitekturnya, sehingga menghasilkan bangunan yang menampilkan berbagai elemen dari berbagai periode. Sejak Uzbekistan merdeka, masjid ini telah mengalami pemugaran besar-besaran dan sekarang berfungsi sebagai masjid katedral Margilan.
