Расцвет Мармашена был недолгим. Будучи когда-то центром обучения с большой библиотекой, монастырь не смог противостоять нашествиям сельджуков, прокатившимся по Армении. В отличие от Ариха или Татева, он так и не стал крупным центром теологии или искусства. Однако в XIII веке князья Закаряны восстановили поместья семьи Пахлавуни. В 13 году внуки Ваграма — архиепископ Григор и его брат Хариб (или Гариб) — перестроили монастырь и окружили его оборонительными стенами.
Они также приказали начертать историю монастыря на стене собора, сохранив ее для будущих поколений.
Защитная стена в конечном итоге привела к возникновению деревни вокруг монастыря, названной Ваграмаберд — «Крепость Ваграма». Многочисленные хачкары — каменные кресты — усеивают местность, некоторые из них древние, другие — современные.
Несмотря на волны завоеваний и разрушений, монастырь выстоял. В начале 19 века, после очередной русско-турецкой войны, новая граница между Российской империей и Османской Турцией прошла через ущелье Ахурян. Армянские семьи из Карса и близлежащих регионов переселились в Ваграмаберд, найдя убежище в тени священного креста. Рядом с монастырем была также основана сельская школа.
Местные жители взяли на себя ответственность за сохранение объекта, поддержание и время от времени ремонт зданий. Но природа оказалась более грозным врагом. В 1883 году мощное землетрясение разрушило церковь Святой Богородицы и повредило другие сооружения. Несколько лет спустя католикос Мкртич Хримян, известный как Хримян Айрик, руководил реставрацией.
Церковные службы продолжались в Мармашене до 1923 года, когда большевики запретили религиозную деятельность. Монастырь был секуляризирован и объявлен памятником культуры, находящимся под опекой государства.
Он пережил еще два землетрясения. После катастрофы в Спитаке в 1988 году в стене Катогике появилась большая трещина, угрожающая всему сооружению. В 2000 году итальянская реставрационная группа под руководством Гаянэ Каснати стабилизировала стену и провела дополнительные работы.
Сегодня ситуация вокруг Мармашена необычна. Хотя в его церквях снова проводятся службы, сами здания юридически не принадлежат Армянской Апостольской Церкви. Это могло бы показаться формальностью — пока недавние события не стали представлять серьезную угрозу.
Плотина гидроэлектростанции была построена на реке Ахурян, образовав водохранилище, которое резко увеличило уровень влажности в этом районе. Эта постоянная сырость ставит под угрозу фундаменты и раствор древних церквей. Однако из-за нерешенного вопроса о собственности монастыря церковь не может официально начать реставрацию.
