В отличие от Искандеркуля, который питается ледниковыми реками, придающими ему поразительный бирюзовый оттенок, озеро Змеиное удивительно чистое. Его девственные воды поддерживаются подземными источниками и близостью Искандеркуля, из которого вода фильтруется через естественный барьер. Единственный значительный приток воды в озеро Змеиное происходит во время весеннего таяния снегов, когда его уровень повышается за счет таяния снегов.
Эта прозрачность воды в озере Змеиный поддерживает процветающую популяцию рыб, в отличие от Искандеркуля, где высокий уровень минеральных примесей из окружающих гор делает его непригодным для рыб. Несмотря на общую безвредность этих примесей для человека, они оказывают отрицательное воздействие на водную жизнь озера.
С точки наблюдения вы легко различите бирюзовые просторы Искандеркуля, а черный треугольник в правом верхнем углу — это озеро Змеиное. Интересно, что у озера Змеиное есть местный смотритель, который разводит там рыбу, которую можно продать и даже поесть прямо на месте. Это делает его уникальным местом не только по своей природной красоте, но и по местным кулинарным предложениям.