Marmashen'in gelişmesi kısa sürdü. Bir zamanlar büyük bir kütüphaneye sahip bir öğrenim merkezi olan manastır, Ermenistan'ı kasıp kavuran Selçuklu istilalarına dayanamadı. Arich veya Tatev'in aksine, asla büyük bir teoloji veya sanat merkezi haline gelmedi. Ancak 13. yüzyılda Zakarian prensleri, Pahlavuni ailesinin mülklerini restore etti. 1225'te Vahram'ın torunları—Başpiskopos Grigor ve kardeşi Harib (veya Garib)—manastırı yeniden inşa etti ve onu savunma duvarlarıyla çevreledi.
Ayrıca manastırın tarihinin katedralin duvarına yazılmasını emrettiler ve böylece hikayesi gelecek nesillere aktarılmış oldu.
Koruyucu duvar, sonunda manastırın etrafında Vagramaberd - "Vahram Kalesi" adını taşıyan bir köye yol açtı. Bölgeyi, bazıları eski, bazıları da yakın zamana ait çok sayıda haçkar - taş haç - süslüyor.
Fetih ve yıkım dalgalarına rağmen manastır varlığını sürdürdü. 19. yüzyılın başlarında, bir başka Rus-Türk savaşından sonra, Rus İmparatorluğu ile Osmanlı Türkiyesi arasındaki yeni sınır Akhuryan geçidinden geçiyordu. Kars ve yakın bölgelerden gelen Ermeni aileler, kutsal haçın gölgesinde barınak bularak Vagramaberd'e yerleştiler. Manastırın yakınında bir köy okulu da kuruldu.
Yerel halk, sitenin korunması, binaların bakımı ve zaman zaman onarımı sorumluluğunu üstlendi. Ancak doğa daha zorlu bir düşman olduğunu kanıtladı. 1883'te, güçlü bir deprem Kutsal Meryem Ana Kilisesi'ni yıktı ve diğer yapılara zarar verdi. Birkaç yıl sonra, Khrimian Hayrik olarak bilinen Katolikos Mkrtich Khrimian bir restorasyona nezaret etti.
Kilise ayinleri, Bolşevikler dini faaliyetleri yasaklayana kadar 1923'e kadar Marmashen'de devam etti. Manastır laikleştirildi ve devlet bakımı altında kültürel bir anıt olarak belirlendi.
İki deprem daha atlattı. 1988 Spitak felaketinden sonra Katoghike duvarında tüm yapıyı tehdit eden büyük bir çatlak oluştu. 2000 yılında Gayane Casnati liderliğindeki bir İtalyan restorasyon ekibi duvarı stabilize etti ve ek çalışmalar yürüttü.
Bugün, Marmashen'i çevreleyen durum alışılmadık. Kiliselerinde bir kez daha ayinler yapılsa da, binaların kendileri yasal olarak Ermeni Apostolik Kilisesi'ne ait değil. Bu, teknik bir ayrıntı gibi görünebilir—son gelişmeler ciddi bir tehdit oluşturana kadar.
Akhuryan Nehri'nin üzerine bir hidroelektrik baraj inşa edildi ve bölgedeki nem seviyelerini önemli ölçüde artıran bir rezervuar oluşturuldu. Bu kalıcı nem, antik kiliselerin temellerini ve harçlarını tehlikeye atıyor. Yine de, manastırın çözülmemiş mülkiyeti nedeniyle, Kilise resmi olarak restorasyona başlayamıyor.
