Buzul nehirleriyle beslenen ve çarpıcı bir turkuaz renk tonu veren Iskanderkul'un aksine, Yılan Gölü dikkat çekici derecede berraktır. Berrak suları, yeraltı kaynakları ve suyun doğal bir bariyerden süzüldüğü Iskanderkul'un yakınlığı tarafından korunur. Yılan Gölü'ne gelen tek önemli su akışı, kar erimesinin seviyelerine katkıda bulunduğu ilkbahar çözülme döneminde gerçekleşir.
Yılan Gölü'ndeki bu berrak su, çevredeki dağlardan gelen yüksek mineral kirliliklerinin balıklar için uygunsuz hale getirdiği Iskanderkul'un aksine, gelişen bir balık popülasyonunu destekler. Bu kirliliklerin insanlar için genel zararsızlığına rağmen, gölün su yaşamını olumsuz etkiler.
Bir gözlem noktasından, Iskanderkul'un turkuaz genişliğini kolayca ayırt edebilirsiniz, sağ üst köşedeki siyah üçgen şekil ise Yılan Gölü'dür. İlginçtir ki, Yılan Gölü'nde balık yetiştiren, satışa sunulan ve hatta yerinde yemek yenebilen yerel bir bakıcı vardır. Bu, onu yalnızca doğal güzelliğiyle değil, aynı zamanda yerel mutfak sunumlarıyla da eşsiz bir yer haline getirir.
